Külliye, I. Alâeddin Keykubat’ın zevcesi ve II. Gıyaseddin Keyhüsrev’in annesi Mahperi Hatun (Huand) tarafından 1238 yılında yaptırılmıştır. Cami, medrese, kümbet ve hamamdan oluşan Hunat Hatun Külliyesi, Selçuklu mimarisi şaheserlerindendir. Selçuklu mimari geleneğine bağlı kalınarak minaresiz ve ortası açık şekilde inşa edilmiştir. Sonradan II. Abdulhamit döneminde yapılan orta kubbesi ile iki kubbeli olan caminin yine sonradan açılan kuzey kapısı ile birlikte toplam üç kapısı bulunmaktadır. Kare planlı üstü açık bir avlunun etrafına sıralanmış talebe odaları ve doğuda ana eyvandan oluşan medresede, 1751 yılında Hacı Halil Efendi tarafından bir kütüphane kurulmuş, medrese eğitimi 1917 senesinde son bulunca, buradaki 433 adet kitap Raşid Efendi Kütüphanesi’ne taşınmıştır. Kümbetin içindeki en büyük sanduka Hunat Hatun’a, diğeri ise Sultan Gıyaseddin Keyhüsrev’in kızı Selçuki Hatun’a aittir. Üçüncünün de hanedandan bir hanıma ait olduğu düşünülmektedir.
Medrese kısmının içerisinden girilen kümbette Hunat Hatun’un sandukası ziyaret edilebilmektedir.