Çifte hamam olarak inşa edilmiş olan Sultan Hamamı, 13. yüzyılın ilk çeyreğine tarihlenmektedir. Halen ayakta olan bölüm erkekler kısmı, 1989 yılında ortaya çıkan güneydeki yıkık bölüm ise hamamın kadınlar kısmıdır. Yapının doğu cephesi boyunca uzanan su deposunun üzeri güney-kuzey yönünde basık bir tonozla örtülmüştür. Kayıtlardan Gevher Nesibe Medresesi ve Şifahanesi’nin vakıfları arasında bulunan hamamın 1652 yılında tamir edildiği anlaşılmaktadır. 1656-1657 yıllarında ise medrese ile birlikte Mimar Ömer Ağa tarafından tekrar tadilat görmüştür.
Orijinal plânını kaybeden hamamda, yapılan onarımlar ve ilaveler nedeniyle farklı malzeme kullanımı dikkati çekmektedir.